会社を2つ運営しており、合併して申請しようと検討しています。合併した場合でも申請出来ますか？（事業再構築補助金）

合併のみでは申請要件を満たせません。
この場合、事業再構築の類型⑤事業再編に該当しますが、
新たな事業形態のもとに、新分野展開、事業転換、業種転換又は業態転換のいずれかを行うことで、申請対象となるケースがございます。

詳しくは、以下をご確認下さい。