公募要領に「50％超の議決権を有する子会社は同一法人とみなす」という記載があるが、例えば、Ａ社：株主構成　α氏（個人）　100%Ｂ社：株主構成　Ａ社40％、α氏（個人）20%の場合、Ｂ社はＡ社の同一法人とみなされ、A社とB社がそれぞれ申請することは出来ますか？（事業再構築補助金）

α氏はA社の50％超の議決権を有するため、α氏とA社は同一法人とみなします。
つまり、例のケースではA社とα氏でB社の60％の議決権を有していることになるため、申請はできません。
ただし、個人αと法人Aは別個の人格であることから、αがAの50％超の議決権を有しない場合においては、個人と法人の代表が同じであったとしても、α氏とA社はそれぞれ申請することが可能です。